La procedura di Vinca è costituita da 3 livelli:
Si deve passare ai Livelli 2 e/o 3 solo quando nel Livello 1 l'Autorità Vinca ha ritenuto che il P/P/P/I/A possa comportare un'incidenza negativa significativa sul sito Natura 2000 interessato.
Livello I: Screening
Si tratta del processo di individuazione delle potenziali implicazioni negative di un P/P/P/I/A su uno o più Siti Natura 2000, considerato singolarmente o congiuntamente ad altri P/P/P/I/A, e della determinazione del possibile grado di significatività di tali incidenze negative. In questa fase l'Autorità Vinca non può prevedere prescrizioni. L'Autorità Vinca è tenuta a inserire la documentazione pervenuta e il relativo esito della procedura nel proprio sistema informativo, facoltativamente durante la fase istruttoria, ma, obbligatoriamente, entro 10 giorni lavorativi dal termine della stessa;
Livello II: Valutazione di incidenza appropriata
Nel caso in cui lo Screening si sia concluso con una valutazione di incidenza negativa significativa, o nel caso in cui si sia in presenza di un P/P/P/I/A complesso si procede direttamente con la procedura della Valutazione di incidenza appropriata che prevede la presentazione anche di uno specifico Studio di incidenza da parte del soggetto Proponente. L'Autorità Vinca è tenuta a pubblicare il P/P/P/I/A nel proprio sistema informativo, entro 10 giorni lavorativi dal ricevimento della documentazione, al fine di consentire a chiunque di presentare eventuali osservazioni al P/P/P/I/A nei termini fissati dall'Autorità Vinca. In questa fase l'Autorità Vinca può definire anche idonee e vincolanti misure di mitigazione atte a eliminare o a limitare tale incidenza al di sotto di un livello significativo. Al termine della procedura l'Autorità Vinca è tenuta a pubblicare l'esito della Valutazione di incidenza appropriata nel proprio portale;
Livello III: Misure di compensazione
Questa parte della procedura si attiva, su richiesta del proponente, qualora, a seguito di esito negativo della valutazione di incidenza appropriata (Livello II), l'Autorità Vinca accerti l'assenza di possibili soluzioni alternative al P/P/P/I/A e l'esistenza di motivi imperativi di rilevante interesse pubblico (IROPI - Imperative Reasons of Overriding Public Interest) per la sua realizzazione. La procedura prevede l'individuazione di misure di compensazione delle incidenze negative individuate. Tali misure si configurano come deroga alla Direttiva "Habitat" e, per tale motivo, devono rispettare gli stringenti criteri previsti dall'6, paragrafo 4, della direttiva e dall'art. 5, commi 9 e 10, del d.p.r. 357/97 e ss.mm.ii.
Solo a seguito della verifica dell'idoneità delle misure di compensazione, l'Autorità Vinca potrà dare un esito positivo alla realizzazione del P/P/P/I/A.
Per i P/P/P/I/A assoggettati ad altra autorizzazione (VIA, VAS, PAUR, Val.S.A.T., AIA, AUA, ecc.) per i quali la Valutazione di incidenza costituisce un endoprocedimento, la domanda va presentata all'Autorità competente di adozione del provvedimento.
